吴桂芳，字子实，新建人。嘉靖二十三年进士。授刑部主事。有崔鉴者，年十三，忿父妾凌母，手刃之。桂芳为著论拟赦。尚书闻渊曰：“此董仲舒《春秋》断狱，柳子厚《复雠议》也。鉴遂得宥。及渊入吏部，欲任以言职。会闻继母病，遽请归，留之不可。起补礼部，历迁扬州知府。御倭有功，迁俸一级。又建议增筑外城。扬有二城，自桂芳始。历浙江左布政使，进右佥都御史，巡抚福建。父丧归。起故官，抚治郧阳。寻进右副都御史总理河道，未任。两广总督张臬以非军旅才被劾罢，部议罢总督，改桂芳兵部右侍郎兼右佥都御史，提督两广军务兼理巡抚。知
两广两广群盗河源李亚元、程乡叶丹楼连岁为患，潮州旧倭屯据邹塘。桂芳先讨倭。以降贼伍端为前驱，官军继进，一日夜克三巢，焚斩四百余人。帝深嘉之，令与南赣提督吴百朋乘胜灭贼。而新倭寇福建省为戚继光所败，流入境。桂芳、百朋会调土、汉兵，乘其初至，急击之。倭惧，悉奔甲子崎沙，夺渔舟入海。暴风起，皆覆溺死。脱者还海丰，副总兵汤克宽擒斩殆尽。因建议海道副使辖东莞以西至琼州，领番夷市舶，更设海防佥事，巡东莞以东至惠潮，专御倭寇。又进讨亚元、丹楼，平之。主
降贼降贼王西桥、吴平已抚复叛。西桥掠东莞，败都指挥刘世恩兵，执肇庆同知郭文通以求抚。桂芳擒斩之，进讨平。平初据南澳，为戚继光、俞大猷所败，奔饶平凤凰山，掠民舟出海，自阳江奔安南。桂芳檄安南万宁宣抚司进剿，遣克宽以舟师会之，夹击平万桥山下。乘风纵火，平军死无算，擒斩三百九十余人。参将傅应嘉言平已擒，后复云溺死。福建巡抚汪道昆奏闻，桂芳不肯，曰：“风火交炽时，何以知其必死也？”平党林道乾复窥南澳，时议设参将戍守。桂芳言：“澳中地险而腴。元时曾设兵戍守，戍兵即据以叛，此御盗生盗也，不如戍柘林便。”从之。召为南京兵部右侍郎，寻改北部。隆庆初，转左，以疾乞归。言官数论荐。知
万历万历三年冬，即家起故官，总督漕运兼巡抚凤阳。明年春，桂芳以淮、扬洪潦奔流，惟云梯关一径入海，致海涌横沙，河流泛溢，而兴、盐、高、宝诸州县所在受灾，请益开草湾及老黄河故道以广入海之路，修筑高邮东西二堤以蓄湖水。皆下所司议行。未几，草湾河工告成。是年秋，河决曹县、徐州、桃源，给事中刘铉疏议漕河，语侵桂芳。桂芳疏辩曰：“草湾之开，以高、宝水患冲啮，疏以拯之，非能使上游亦不复涨也。今山阳以南诸州县，水落布种，斗米四分，则臣斯举亦既得策矣。若徐、邳以上，非臣所属，臣何与焉。”因请罢。御史邵陛言：“诸臣以河涨归咎草湾，阻任事气，乞策励桂芳，益底厥绩，而诘责河臣傅希挚旷职。”从之。古
其明其明年，希挚议塞崔镇决口，束水归漕，而桂芳欲冲刷成河以为老黄河入海之道。廷议以二人意见不合，改希挚抚陕西，以李世达代。未几，又改世达他任，命桂芳兼理河漕。六年正月，诏进工部尚书兼右副都御史，居职如故。未逾月，卒。寻以高邮湖堤成，赠太子少保。古
